Pro všechny návštěvníky, kteří chtějí získat ucelený a detailní obraz o bohatých dějinách města a regionu jsou v nepřehlédnutelné budově bývalého barokního jezuitského semináře, dnešním Regionálním muzeu, připraveny stálé expozice a řada sezónních výstav.

Rozsáhlým sbírkám z oborů archeologie, dějin umění a řemesla, národopisu, ale také historické farmacie vévodí velkolepý keramický model města – největší svého druhu na světě. Terénní stanice experimentální archeologie na Křížovém vrchu se speciálním programem pro školy i veřejnost nabízí zážitkové i výukové programy zaměřené na popularizaci archeologie.

Keramický model Českého Krumlova
Jedinečnou zachovalost historického centra města Český Krumlov přibližuje jeho unikátní keramický model. Myšlenka na zhotovení modelu historického jádra Českého Krumlova, který by zachycoval ideální podobu města kolem roku 1800, se zrodila v polovině 70. let 20. století. Keramický model v měřítku 1:200 vznikal v letech 1977-1984.

Přípravné práce byly podloženy studiem archivních materiálů a pramenů, dobových plánů a vedut, historických grafických listů a fotografií i měřením přímo v terénu. Autoři modelu zvolili neobvyklý technologický postup a jednotlivé městské stavby i terénní členitosti zhotovili z kolorované pálené hlíny. Model zachycuje plochu 56 hektarů městské památkové rezervace, na 800 stavebních objektů, zákruty řeky Vltavy i dnes již neexistující městské opevnění, hradby a brány. Nejstarší částí celého modelu byla Budějovická brána s přilehlým budějovickým předměstím Latránu.

Barokní jezuitská lékárna
Barokní jezuitská lékárna je ojediněle dochovaným souborem zařízení barokní oficíny a spolu s unikátním keramickým modelem historického jádra Českého Krumlova tvoří nepřehlédnutelný expoziční celek, který se dlouhodobě těší velkému zájmu tuzemských ale i zahraničních návštěvníků.

Základem jezuitské lékárny je zařízení barokní oficíny, které je tvořeno bohatě vyřezávanými, malovanými a zlacenými rohovými regály ze smrkového a borového dřeva s policemi a 70 zásuvkami s barokními krajinami a latinskými nápisy (signaturami). Barokní lékárna má také výraznou malířskou a řezbářkou výzdobu, nad regály jsou dva oválné obrazy světců – sv. Jana Nepomuckého a sv. Pantaleona v bohatě řezbovaných a zlacených rámech, centrálně umístěná plastika Panny Marie a vývěsní štít, který je připisován známému jihočeskému malíři Františku Jakubu Prokyšovi.

Základní vybavení lékárny tvoří na dvě stě drobnějších exponátů – hmoždířů, kotlíků, naběraček, dřevěných krabic či skleněných, dřevěných, kameninových a porcelánových dóz, láhví a stojatek, které pochází ze 17. – 19. století. Některé z nádob dokonce ještě uchovávají původní obsah. Pozoruhodným předmětem je železná „oplatnice“, která sloužila k výrobě kulatých oplatek. Celý soubor barokní lékárny byl nákladně restaurován v 70. letech 20. století a dodnes tvoří integrální součást stálé expozice muzea.